Средства с ЕНС индивидуального предпринимателя могут списать в счет уплаты имущественных налогов физического лица

Поскольку ЕНС у налогоплательщиков – физических лиц, зарегистрированных в качестве индивидуального предпринимателя, один, ЕНП распределяется по всем обязательствам, вне зависимости от того, для погашения каких налогов предназначалась уплата.
 
При формировании сводного налогового уведомления, имеющаяся сумма на ЕНС, резервируется налоговым органом для уплаты имущественных налогов. Если до 2 декабря появится недоимка по иным налогам и денег на ЕНС будет недостаточно, резерв будет отменен, и сумма резервов погасит обязательства с более ранним сроком.
 
Например:
13 сентября налогоплательщик получил сводное налоговое уведомление с информацией об обязанности по уплате имущественных налогов по сроку уплаты 2 декабря в сумме 400 руб.
16 октября налогоплательщиком производен платеж на ЕНП в сумме 400 руб. 
17 октября (то есть до наступления срока уплаты) внесенная сумма на ЕНП распределится в счет уплаты имущественных налогов по сроку уплаты 2 декабря.
28 октября наступает обязанность по уплате авансового платежа по УСН на основании ранее направленного уведомления об исчисленных суммах.
Если на ЕНП отсутствуют средства, по сроку 28 октября производится автоматическое перераспределение суммы 400 руб. с имущественных налогов в УСН без начисления пеней.
Таким образом, налогоплательщик исполнит обязанность по уплате УСН, но до 2 декабря ему потребуется внести на ЕНП 400 руб. для исполнения обязательств по имущественным налогам.
 
Источник:
Пункт 4 статьи 11.3 Налогового кодекса Российской Федерации; 
статья 45 Налогового кодекса Российской Федерации