При наличии зачтенной в счет исполнения предстоящих обязанностей суммы по одному налогу и недоимки по-другому будет ли автоматически проводиться зачет?

1. При наличии зачтенной в счет исполнения предстоящих обязанностей суммы по одному налогу и недоимки по-другому будет ли автоматически проводиться зачет?
При возникновении отрицательного сальдо ЕНС, ранее зачтенная в счет исполнения предстоящих обязанностей сумма по конкретному налогу возвращается на ЕНС. После этого происходит зачет возвращенной суммы в счет погашения возникшей задолженности. ст. 4 Федерального закона от 14.07.2022 N 263-ФЗ. 
 
2. Почему я плачу задолженность по исполнительному производству по одному налогу, а налоговый орган учитывает их в уплату других налогов. 

С 01.01.2023 платежи  распределяются в соответствии со ст.45 НК РФ. В первую очередь погашаются недоимки, затем текущие начисления, затем пени, проценты и штрафы. Если поступившего платежа не хватает для полного погашения задолженности, то денежные средства распределяются пропорционально размеру обязательства одной очереди.

Например, на текущую дату вы имеете отрицательное сальдо ЕНС 42 тыс. рублей. В том числе долг по транспортному налогу 10 тыс. рублей, по страховым взносам за периоды до 2017 года – 30 тыс. рублей,  пени – 2 тыс. рублей. От приставов по судебному приказу на взыскание транспортного налога, полученному в 2022 году,  поступило в качестве ЕНП 4 тыс. рублей. Платеж распределится следующим образом: 1 тыс. рублей на транспортный налог, 3 тыс. рублей на страховые взносы. После распределения платежа сальдо ЕНС составит 38 тыс. рублей: долг по транспортному налогу 9 тыс. рублей, по страховым взносам  за периоды до 2017 года – 27 тыс. рублей, пени – 2 тыс. рублей.
 
3. В ЛК ИП до конца 2022 года был раздел, в котором можно было увидеть переплату за все прошедшие периоды и вернуть их, указав любой из открытых на заявителя счет. Сейчас этого функционала нет. Вернется ли указанный функционал или процедура поменялась?
В ЛК ИП переплата указана в окне «Сальдо ЕНС». Для ее возврата необходимо перейти в раздел ЕНС, нажав на главном экране «Перейти в ЕНС», далее в окне «Сальдо ЕНС» необходимо кликнуть «распорядится сальдо», затем выбрать «Заявление о распоряжении путем возврата».